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Es un juego donde te encuentras en Johto. Estás en un desierto con un Flareon (En Edición Volcán) o Vaporeon (En Edición Mar) y ves al Profesor Elm. El te lleva a su laboratorio en avión. El avión es conducido por un chico llamado Nek, que pronto tendrá algo de protagonismo. Cuando llegas, Elm te guía a su laboratorio, donde presenta a Brock, un doctor que vive al lado de su laboratorio, en su centro Pokemon y una chica llamada Sara entra al laboratorio y avisa que Pueblo Ortiga (Un pueblo creado para este juego) fue destruido por un Pokemon que ella no conocía. El profesor Elm te dice que vayas a averiguar pero justo Nek llega y avisa que quiere ver el Pokemon para investigarlo ya que quiere además de ser entrenador ser conocedor (En Edición Volcán) o criador (En Versión Mar)